בעתיד , מתגלה הורמון במוח האנושי, הנותן לאנשים כוחות וחושים נוספים אשר משנים את העולם שאנחנו מכירים.
 
בדיוק כשהאנושות נכנסת לעידן חדש, מוטנטים מסוכנים הידועים בשם "האחרים" מתחילים לרדת מהשמיים והם רעבים למוחות אנושיים.
המוטנטים האלו עמידים למתקפות קונבנציונליות ואמצעים קיצוניים ביותר נדרשים כדי להילחם באיום ולהציל את האנושות. האנשים עם היכולות המיוחדות המכונים פסיאוניקים, הם הסיכוי של האנושות לנצח במלחמה. עד היום, מחפשים את הפסיאוניקים בשל יכולותיהם ומגייסים אותם ל"צבא ההגנה מפני האחרים" (OSF), הסיכוי היחיד של האנושות להגן על עצמה.

במשחק נכנס לנעליו של יואיטו סומראגי, חייל חדש ב-OSF הרוצה להפוך לפסיאוניק עליון כמו זה שהציל אותו בילדותו. הצטרפו ל- SCARLET NEXUS חמושים ביכולותיו של יואיטו, חקרו את העיר העתידנית ניו-הימוקה וחשפו את המסתורין האופף את המוח החדש, הנמצא בין טכנולוגיה ליכולות פיזיות.